Prirodna poplavna područja, kao jedna od bioloških najproduktivnijih i vrstama najbogatijih ekosistema još uvijek su nedovoljno istražena, iako su njihova intenzivnija istraživanja otpočela nakon objavljivanja „flood pulse concept“-a (Junk i sur., 1989). Naglasak u aktualnim istraživanjima je na utvrđivanju interakcija hidroloških i ekoloških procesa rijeke i njenog poplavnog područja kao integralnih komponenti dinamičkog sustava.
Pretpostavka je da u poplavnom području vodeni mikrolokaliteti u velikoj mjeri ovise o donosu organske tvari s kopna tijekom razdoblja visokih voda, a povlačenjem vode dio organske tvari iz vode ostaje na kopnu, te se tako uspostavlja tzv. „poveznica“ između kopnenih i vodenih staništa. U takvim se uvjetima struktura biotičkih zajednica mijenja u ovisnosti o plavljenju i isušivanju. Cilj predloženih istraživanja je utvrditi dinamiku razvoja biocenoza poplavnog područja Kopačkog rita i Dunava te njihovu povezanost sa složenim hidrološkim ciklusom izmjene limnofaze i potamofaze.
U tu svrhu, utvrdit će se osnovne abiotičke značajke biotopa poplavnog područja i Dunava za vrijeme limnofaze i potamofaze, horizontalna distribucija fitoplanktona i bakterioplanktona te vremenske sukcesije funkcionalnih skupina fitoplanktona, kao i utjecaj plavljenjem uzrokovanih disturbancija na uspostavu relativno stacionarnog stanja fitoplanktona; uloga i značaj perifitona na umjetnim i prirodnim podlogama kao jednog od najosjetljivijih indikatora procesa eutrofizacije, te razvoj perifitona u odnosu na dinamiku plavljenja i isušivanja; proširiti istraživanja faune sedimenta i perifitona u litoralnoj zoni Sakadaškog jezera i kanala Čonakut obzirom na njihovu funkcionalnu ulogu kao konzumenata koji kontroliraju biomasu perifitona. Na temelju dobivenih rezultata utvrditi će se trofičko stanje Dunava i poplavnog područja u uvjetima potamofaze i limnofaze, a prema abiotičkim čimbenicima i biološkim indikatorima.
Razumijevanje ekoloških interakcija poplavnog područja i Dunava koristit će se u definiranju mjera zaštite, s posebnim naglaskom na eutrofizaciju voda i zaštitu biološke raznolikosti.
